吴其濬是位经世致用的官员，除植物学方面的贡献外，其在水利学、矿物学方面都卓有建树。他在为父母守丧原籍固始的七年间，就在现今的沙河铺乡花园村租用土地种桃八百，种柳三千，建植物园供科研使用，取名“东墅”。这年，山洪暴发，冲毁了他的精心经营的植物园和附近的农田。吴其濬很是震惊，他便带上干粮，溯河而上，徒步百里进入大别山腹地考察水灾发生的原因，写出翔实的治理报告《治淮上游论》，明确主张用“蓄”的方法治水，这是我国治水方略的一个新发展。

《治淮上游论》文章虽短，但见解精辟，言简意赅。在我国治河史上，因为大禹用“疏川导滞”、“因水之性”的方法治河成功，因而用“导”的方法治水成为千古不变的“天经地义”。至于修筑设障，用“蓄”的方法来治水，在我国治水史上几乎是空白，而吴其濬却在《治淮上游论》中，提出利用安徽境内淮河干流两侧湖泊地做闸坝，以滞蓄洪水的治淮方案，使人们耳目一新。他补充了治水历史上长期缺“蓄”方略的空白，使得治水方略蓄汇兼筹，臻于全面。他提出“定远的叶子湖、瓦埠湖，皆四面有山，一线入河，而霍邱、寿州之湖与河相连，中隘长堤，口门历历不数。窃意前人于此，必有闸坝，以时启闭，诚能因势建坝，增堤稍高，淮水大则闭闸，不使助淮为暴，是洪湖所不能尽容者，而渚湖分容之，水小则启闸，使于淮流并注，是洪湖所不能尽蓄者，而渚湖分蓄之”。这一治淮规划和方略，和1950年政务院《关于治理淮河的决定》中“中游蓄泄并重，利用湖泊、湿地拦蓄干支洪水，整理河漕，承泄拦蓄以外的全部洪水”的治淮方针基本上一致的。可见，吴氏利用淮河干流两侧湖泊洼地调控洪水的设想，是具有远见卓识的。他的建议虽然在当时办不到，但他有信心要“姑存此文、一俟将来”。解放后 我国治理淮河的“蓄泄并重”的治理方针，证明了吴氏的预言。