吴其濬博学多才，是世界科技史上有影响的著名科学家。他从政之余，完成了对大半个中国的科学考察，并进行了认真的研究总结。在植物学、药物学、矿业学及水利学等方面都有建树，留下了大量的科学文化遗产，在中国科技史上占有重要的地位。

吴其濬是一位植物学集大成者，他的植物学专著分为两部分，即《植物名实图考》（以下简称《图考》）和《植物名实图考长编》。首先编著的是《植物名实图考长编》。这部书22卷，约89万字，著录植物838 种，分谷类、蔬类、山草、石革、湿草、蔓草、水草、毒草、呆类、木类等10余类，每类植物中又分许多种。他辑录历代古籍中有关植物的资料时，重点收录各种植物的形态、产地，药性及用途等。书中著录或节录了一些花卉、果树用材植物的专谱，如《芍药谱》、《桐谱》、《菊谱》、《打枣谱》、《蚕书》、《茶经》、《牡丹谱》等。还辑录了中国南方、北方，包括国外引进的果树60多种。保存了大量植物学文献，其数量超过历代任何一种本草和植物学著作。

在编著完《植物名实图考长编》基础上，吴其濬写出了著名的《植物名实图考》。《植物名实图考》是最负盛名的一部著作，把我国传统植物学发展到一个新的水平，并对世界植物学界有深刻的影响。全书38卷，记载植物1714种，分谷、蔬、山草、隰草、石草(包括苔藓)、水草(包括藻)、蔓草、芳草、毒草、群芳(包括寄生于一些木类的担子菌)、果、木等12类。这是一部专门记载植物，又集中反映其生物学特性的植物学专著，为吴其濬在植物学方面的重要研究成果。它是研究植物学、生药学的重要文献。《图考》对清代以前的植物学、药物学著述进行了全面整理，其中所绘制的图样，与李时珍的《本草纲目》中的附图相比，其精确度较高，是我国古代历史文献中有关植物论述总汇。