1994年2月，撤销百泉药材交流大会工作委员会，成立百泉药材贸易总公司，驻百泉药都，负责组织百泉药会和百泉常年市场建设，1995年，内设1室5科：办公室、财务科、市场信息科、接待科、膳食科、业务科。干部18人，职工48人，副总经理杜兴华。

1996年，百泉药材贸易总公司内设7科1室，新增2科：市场管理科、保卫科。干部21人，职工49人，副总经理杜兴华。

1997年，百泉药材贸易总公司下属机构不变。干部29人，职工46人，副总经理杜兴华。1998年，下属机构、副总经理不变。干部38人，职工39人。1999年，下属机构、副总经理不变。干部、职工76人。

2000年，百泉药材贸易总公司下属机构不变。干部、职工76人，总经理赵文和。同时成立辉县市药材贸易管理委员会，下设办公室，与百泉药材贸易总公司合署办公，编制药业发展规划，管理、指导和协调辉县全市中药材科研、种植、加工和销售工作。

2001年，百泉药材贸易总公司下属机构不变。干部、职工76人。

2003年，百泉药材贸易总公司内设8个科室改为：办公室、财务科、保卫科、业务科、维修科、餐饮科、市场科、种植科。干部、职工90人，总经理袁长岭。

2004年1月23日，辉县市政府正式将百泉药材贸易总公司交由当地从事房地产行业的民营企业家郭新富管理，百泉药交会开始采用市场化方式运作。同时，保留辉县市药材贸易管理委员会办公室，下设8个科室，干部、职工90人，主任袁长岭。

2005年，仍称辉县市药材贸易管理委员会办公室。干部、职工90人，主任袁长岭。

2006年~2009年，改称辉县市药业发展办公室，内设1科1室：办公室、药业发展科。主任袁长岭。

1949年~2004年的百泉药材交流大会，基本上完全由辉县政府一力承办。2004年之后，形成政府主导、民企承办的格局，办会机制得以搞活，文化得以重塑，保证了大会健康发展。