自此以后，医圣祠日益得到重视，“医圣”和它彰示的文化进一步得到发扬光大。至康熙年间，医圣祠祠田达六百亩，建筑精雅，犹如洞府，甚为美观。并且藏医籍极富，亦是医家聚会、阅读、研究之地。

道光九年，中医皇甫良、王德涟等，组成医林会馆，对医圣祠祠地进行整顿管理。医圣祠在岁月的河流行进时也屡屡遭到破坏，清咸丰以后，屡遭兵燹歉岁，祠宇逐渐荒凉，建筑破败不堪。光绪九年，医林会馆首事曹鸿恩、陆逢春等，发起捐款，赎地重修，医圣祠赖以保存，并增建亭台，规模庄严宏丽，遂成为南阳名胜之地。

据清末曹德宇编绘的《医圣祠图志》记载，整个祠宇包括正偏两院。正院建筑有山门、中殿、正殿等，正殿塑有仲景坐像，及历代名医像，为供人膜拜之地。偏院建筑则极为曲折，幽雅清丽，俨然洞府。

由中院向西，过月门一道，“为梅花亭”及“医圣井”，井傍植三春古柳一株，径越两围，柳丝倒垂，绿荫蔽日。由井折向北为“荷花池”，白莲千茎，翠盖盈池，中建“湖心亭”，与“医圣桥”相接，而登“小蓬莱”，叠石为山，上筑“灵枢阁”。

登临远眺：豫山矗其后，白河横其前，市廛耕牧，尽收眼底。由山下行，过“碑楼”，而达“桂花轩”，有古桂六株，婆娑成林，秋风送爽，芬芳满园。由“桂花轩”穿角门东向，为“素问亭”及“内经楼”，相传藏书极富，为医人聚会之地。院植古龙柏一株，凌霄花绕其上，觅花合药者，竟日不绝。此外建筑，尚有“春台亭”、“待月轩”、“仁术斋”、“广济馆”等，均极精雅，每年上巳、重九两节，为香火大会，仕女云集，极一时之盛。