医圣祠建筑风格为仿汉建筑群，大殿则为清代四合院式砖木建筑。现总占地面积11429平方米，其中房屋建筑物面积6669平方米，含各式房屋136间。

医圣祠大门具有汉代建筑风格，其“医圣祠”三字为郭沫若于1959年12月所题写。大门前双阙并立，名为“子母门阙”，其中母阙较高，子阙稍低，就像一位母亲怀抱婴儿。中国汉朝的建筑群时常可以见到这种建筑设计，可以作为瞭望哨和烽火台，也可以起到很好的装饰作用。大门上有一对青铜“铺首衔环”，为虎嘴中叨一圆环，重约三百公斤，是目前世界上最重的铺首衔环。