药王大殿中最初祭祀有唐代名医孙思邈与韦慈藏，近人则于药王庙中主祀孙思邈和华佗。庙中所祀除药王之外，可谓众神备具。尤其是在玉皇阁内还奉祀伏羲、神农、皇帝等三皇为药王，另陪祀岐伯、鬼臾区（大鸿）等上古名医。可见岐黄文化在新密地区的传播和普及之兴盛。
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正殿主祀神像-药王孙思邈像和岐伯像|正殿陪祀神像1|正殿陪祀神像2|庙门内守庙神像1|庙门内守庙神像2|药王庙瘟神爷供奉处|瘟神爷塑像|药王庙土地祠|药王庙火神祠|药王庙送子殿
