长期的药材交易，形成药商之间的相互竞争，逐渐产生了以药材经营类别或区域性质为基础的行帮组织。其中，较为著名的有药行帮、药棚帮、党参帮、茯苓帮、怀庆帮、汉口帮、四川帮、宁波帮、江西帮、山西帮、陕西帮、祁州帮、金陵帮、亳州帮、商城帮等等。这些行帮会馆的规模甚为庞大，根据禹州市文管所原所长教之忠老先生统计，仅金陵帮、亳州帮这两个帮在禹州都有179家生意；商城帮（信阳药商组织）有239家生意；其他汉帮、广帮、宁波帮、老河口帮、马山口帮（内乡、镇平附近马山口药商组织），以及禹州本地经营药材的本帮，都有多少不等的生意；清末民国时期禹州4万~5万人口中，外地商人来到禹州经营药材的人数就占了其中的1万多口，这个数字还不包括本地商人在内。

这些药帮不惜重金兴建会馆客驿。自清代康熙年间始，相继建成“山西会馆”、“十三帮会馆”、“怀帮会馆”、“江西会馆”。

作为早期一种民间组织形式的行帮会馆，自清代至民国时期，代替官方行使了民间药业管理的职能，这在当时的历史条件下发挥了重要的作用。