新中国成立前，禹州药材市场的交易主要由商会管理。

新中国建立初期，由工商行政管理部门检查药品质量、衡器及服务态度，治理旧市场买空卖空、欺行霸市、抬价压价等不良现象。1956年国家放开自由交易，禹县出现药材私市，且私市药价奇高，严重影响国家购销任务的完成。1957年后，禹县工商及药材经营管理部门严格按照中央颁布的药材市场管理办法，对人参、当归、川芎、生地、黄连、白术、大黄、甘草、白芍、茯苓、党参、寸冬、黄芪、贝母、枸杞、泽泻、山药、枣仁、附子、银花、牛黄、麝香、鹿茸、白芷、沙参、三七、芋肉、全虫、枳壳、槟榔、红花、菊花、牛膝、郁金、木香、柏子仁、元胡、元参等38种药材严格管理，不许私自买卖，限制了投机倒把和黑市交易。1983年后，药材市场由县政协组织工商、卫生等部门进行管理，县标准计量局会同工商部门对交易衡器及交易商品经营予以检查、审验，工商部门汇总交易额。1990年市政府设立中药材市场管理委员会办公室，工商部门专门设置药行街管理所，药市交易管理工作逐步走上正轨。2000年后，药市管理部门积极开展各项服务，提供政策、法律咨询，发展横向经济联系，促使药材市场贸易更为活跃。至2005年，药材市场年交易额已达10亿元。