清乾隆二十七年（1762年），禹州出现商会组织，城区西关骡马药材交易大会由商会组织管理，官方不管商户采取什么方式经营，只收取一定的牙税。

新中国成立后，庙会由县政府工商行政管理部门组织举办，部分药材品种在庙会进行交易，医药部门亦在药材产地设点收购，药材交易实行合同定购；1984年后，专业的中药材交易市场恢复，药交会的筹办由县委、县政府主导、县四大班子领导分工负责。大会期间，由河南省医药总公司、河南省药材公司、许昌市人民政府及禹县党政、人大、政协负责人和各省、市、自治区一级药材批发站或二级站的代表组成大会委员会，下设大会秘书处，秘书处设办公室、财务、食宿、业务、交通、安全保卫6个组（室），具体负责大会事务。大会活动经费按购销合同的2‰收取，1986年改为收取到会代表会务费。同年始，大会组委会明确杜绝交易中出现的回扣、送钱搭物等现象。2002年，大会组委会改由国家中医药管理局、中国药材集团公司、许昌市人民政府、河南省宋庆龄基金会及各省、市、自治区代表组成，大会秘书处下设机构调整为秘书会务组、文艺宣传组、安全保卫组、会展招商组、市容环境组等5个组，并邀请全国其他16家药材市场组团参加。期间由会展招商组负责交易额的统计汇总及项目洽谈、签约情况汇总。至2005年，药交会交易管理基本沿袭2002年的模式。