医圣祠建筑风格为仿汉建筑群，大殿则为清代四合院式砖木建筑。现总占地面积11429平方米，其中房屋建筑物面积6669平方米，含各式房屋136间。

医圣祠大门具有汉代建筑风格，其“医圣祠”三字为郭沫若于1959年12月所题写。大门前双阙并立，名为“子母门阙”，其中母阙较高，子阙稍低，就像一位母亲怀抱婴儿。中国汉朝的建筑群时常可以见到这种建筑设计，可以作为瞭望哨和烽火台，也可以起到很好的装饰作用。大门上有一对青铜“铺首衔环”，为虎嘴中叨一圆环，重约三百公斤，是目前世界上最重的铺首衔环。[page]

门庭内有一个巨大的石屏，是一块完整的石料制成的，长高各为3．5米，重达6吨，是中国当代碑林一绝。其正面雕刻的是《张仲景传》，为已故名医黄竹斋先生撰写，描述了张仲景的一生。两侧是由中国著名的老中医任应秋题写的对联：“阴阳有三，辨病还须辨证；医相无二，活国在于活人”。背面雕刻的是张仲景的《伤寒杂病论序》，说明了他自己从医的原因。门庭内还有中国不同历史时期的四位大医学家的塑像，分别是医和、王叔和、华佗、李时珍。医圣祠后花园有喷水石龙，另外还有羊头四角砖墓。