明嘉靖二十五年丙午（公元１５４６年），沈律、越夔倡首建三皇庙，唐藩王思成子撰文立石。（石碑残存）

明崇祯元年戊辰（公元１６２８年），兰阳廪生冯应鳌来宛访求医圣墓，九月刻灵应碑一块。（碑存）

明崇祯五年壬申（公元１６３２年），园丁凿地掘井，获碑碣，高二尺余，文曰：汉长沙太守医圣张仲景墓。（碑存）

清顺治十三年丙申（公元１６５６年），府承张三异募建医圣祠，刻碑以记。（碑存）

同年，桑芸立碑记创建医圣祠始末。（碑存）

同年，冯应鳌为叶县训导，再拜医圣祠，立石记述访墓始末，并重刻灵应碑。（二碑皆存）

清康熙十六年丁巳（公元１６７７年），赵君太等善士重修祠庙。

清康熙二十七年戊辰（公元１６８８年），宛儒医周景福捐地４８０亩，为三皇庙祀田。清康熙四十九年庚寅（公元１７１０年），姜大成、吴国士捐银五十五两，购地五十亩，为医圣祠祀田。

同年，元帝庙祀田一百三十亩归医圣祠。

清雍正八年庚戌（公元１７３０年），李姓人倡修医圣祠门楼。（碑存）

清乾隆十五年庚午（公元１７５０年），重修医圣祠山门。[page]

清乾隆三十五年庚寅（公元１７７０年），儒医方道鳌捐款赎地，庙祠合并。（碑存）

清乾隆五十九年甲寅（公元１７９４年），李天如继修春台亭。（碑存）

清嘉庆十五年庚午（公元１８１０年），廪生张森律等重修祠庙，金妆神像。（碑存）

清道光九年己丑（公元１８２９年），周晋王德涟追回当地。

清咸丰二年壬子（公元１８５２年）及咸丰六年丙辰（公元１８５６年），宛城各大药店及众善士两次捐资修葺祠堂与春台亭。（存功德碑）

清光绪九年癸未（公元１８８３年），曹鸿恩主持赎地，复加修葺，面貌焕然。累计建置：中殿、两庑、内经楼、灵枢阁、素问亭、仁术斋、广济斋、智圆斋、行方斋、春台亭、医圣井、医圣桥、梅花亭、待月轩。此外尚有桂花轩、莲花池、古龙柏、七空桥等景物。