公元1956年，整修殿堂，墓亭、山门新修圆顶草亭一座。同年医圣祠被定为河南省文物遗迹保护单位。

公元1959年，南阳市人民政府重修医圣祠，成立张仲景纪念馆，李德全为纪念馆题词。（碑存）

公元1963年，河南省人民政府公布医圣祠为省级重点文物保护单位。

公元1981年至1984年，建九级石阶十丈，仿汉子母阕一对、大门一座附东西陪房各三间、《张仲景传》石屏一座、东西长廊各三十间、各附角亭一座，石刻张仲景组画五十四幅和历代名医评赞镶入东长廊内、石刻历代名医画像一百一十二幅镶入西长廊内，双层六角碑亭一座。重修山门一座及双侧的花墙和月门、医圣井一眼、墓前石灯两盏、张仲景塑像一尊。（碑存）

公元1984年9月至1985年3月，《医圣张仲景与医圣祠展览》在省会郑州和首都北京分别展出。

公元1985年10月，日本矢数道明先生立“张仲景敬仰之碑”揭碑仪式在医圣祠举行。[page]

公元1986年至1987年，在张仲景先生墓前两侧修复行方斋、智圆斋、广济馆、仁术馆等六所古建房屋，在西院新建两层仿古小楼一座，并修复仁济桥。

公元1988年，中华人民共和国国务院公布“张仲景祠及墓”为全国重点文物保护单位。是年，修复荷花池，完成张仲景坐堂行医组画群雕。

公元1989年至1991年，修复春台亭、秋风阁，新建拜殿一座，整修仲景墓及墓亭，新塑巨型仲景塑像一尊和十尊中型历代名医塑像，祠院内全部铺设青石地坪，并油漆粉刷一遍。张仲景学术国际研讨会召开。

公元1991年10月，举办了“医圣祠修复十年回顾展”。

公元1992年上海中医学院张赞臣教授向医圣祠捐献医籍医刊2200余册，医药文物计81种122件。

2002年，南阳市人民政府举办张仲景医药节，并延续至今。

2005年，医圣祠四合院古建筑主体修缮工程完成。

2008年，医圣祠被列为全国中医药文化宣传教育基地。