十三帮会馆位于禹州城区西北隅，居山西会馆南侧、怀帮会馆西侧。清同治十年（1871年），会首郭广德、连文中、潘升炎、阮耀祥、王凌云、常天福、高有帮、蔡汉文、胡乾之、王二元、范廷栋等，捐钱创修十三帮院墙及关帝庙。清同治十二年（1873年）六月，药行帮、药棚帮、甘草帮、党参帮、茯苓帮、江西帮、怀庆帮、祁州帮、陕西帮、四川帮、老河口帮、汉口帮、宁波帮等十三个药帮，集资购地1.33公顷（20亩），共建“十三帮会馆”。清光绪二十年（1894年），会首徐长聚、武清、耿金镛集资创修十三帮药王殿、演戏楼。清光绪二十六年（1900年），十三帮会馆厨房、养病院、阴宅院、道院、二门、影壁墙建成。清光绪二十九年（1903年），十三帮又建会议所一处。

在布局上，十三帮会馆分庙院、中配院、会议所三部分。其中，庙院位于会馆西侧，由九龙壁、铁木旗杆、山门、钟楼和鼓楼、戏楼、东西廊房、拜台、拜殿、大殿和配殿组成。整体建筑坐北向南，前低后高，布局严谨。山门外，南围墙与九龙壁结为一体，墙内为东西向砖铺甬道，东端为临街大门。九龙壁由彩釉方砖拼砌而成，底部为巨大的方形青石雕座，群龙盘绕，栩栩如生。山门外有一对雌雄石狮分立两侧，山门两端为八角腾空、两层起架的钟楼和鼓楼。戏楼下部居中轴线有一拱券过洞，可直通后大殿，两侧筑有高墙，各有高大砖拱圆形券门。庙院铺满红方石，居中一株国槐枝叶茂盛，遮天蔽日。东西厢房门前栽培名贵月季，房后古柏参天。

沿中轴线后行至拜台，拜台为双侧台阶，中嵌石雕，台面三丈见方，东、南、西三边以石栏相围，石栏间立方柱，柱顶有猴、桃等精美雕刻。越过拜台是拜殿和大殿，大殿为木结构建筑，单檐斗拱，以彩釉琉璃瓦盖顶，五脊有琉璃彩砖盘龙飞凤、兽头、人物等艺术装饰，四隅挑角，玲珑别致，巍峨壮观。中配院迎九龙壁为琉璃瓦顶、五脊六兽的辕门，进门沿中轴线铺有青砖甬道。整个中配院为一四合院，其中北上房为青砖琉璃瓦、明三暗五的大客厅，可作为迎宾谋事之地。东跨院为会议所，是接待宾客及聚餐之地。

十三帮会馆历经沧桑，主要建筑九龙壁、铁木旗杆、山门、钟鼓楼已荡然无存，直至2000年，尚遗有十三帮创始碑记一通、界石一块、扇形及长方形石额各两块。其中扇形石额一刻“赏花”，一刻“酌酒”；长方形石额一刻“光绪癸卯 十三帮会馆 阖社仝立”，一刻“光绪丁未 会议所 药商仝立”。界石上款为“墙基余地五尺宽”，正文为“药帮会馆西墙地界”，落款为“同治拾贰年六月修建”。碑记全文曰：“阖社公议，不许将庙中房屋借与外人使用，倘有本帮人私借与外人者，罚酒席十桌”，落款为“光绪二十九年立”。

民国初年，军阀混战，会馆成为军阀部队的常年驻地。1922年，陕军曹世英一部占据十三帮会馆为司令部，曾与红枪会在会馆周围展开激战。1926年至1930年，十三帮会馆相继被李镇亚、王老五、刘黑七等土匪、军阀长期盘踞。1932年，十三帮会馆被设为刑场。1936年至1947年，十三帮会馆又被改建为私立东山中学。1947年冬，解放军中原军区司令部由宝丰迁至禹县，刘伯承、邓小平等曾在十三帮会馆办公。