在云南为官期间，吴其濬还对矿产进行了深入的调查和研究，并著有采矿方面的专著《滇南矿厂图略》。此书由他编纂，徐金生(东川府知府)绘辑。主要介绍云南东川铜矿和其他矿产的一部著作。全书分上、下卷。上卷为《云南矿厂工器图略》。包括工器图20幅、次滇矿图略、下引第一、硐第二、硐之器第三、矿第四、炉第五、炉之器第六、罩第七、用第八等。书后附宋应星《天工开物》(节录五金第十四卷)、王崧《矿厂采炼篇》、倪慎枢《采铜炼钢记》、《铜政全书?咨询各厂对》。下卷名《滇南矿厂舆程图略》，有全省图l幅，以及府、州厅图21幅，下为滇矿图略，其下再分各种矿产、运输等。吴其濬在《滇南矿厂图略》中详细记录了云南铜矿的分布、铜矿床的情况和找矿、采矿技术。《云南矿厂工器图略》是我国第一部矿业工具专著，在我国矿业发展史上占有重要地位。

需要指出的是，艰巨的著述工作，吴其濬完全是利用业余时间完成的。经过几十年的辛勤工作，他收集的资料装了满满几大箱。他开始着手准备系统整理这些资料，并把它们编成一部大书。他白天处理公事，晚上伏案写作。长期的辛苦工作，使他得了重病。当时他是山西巡抚，为了能在有生之年完成这部书，他给皇帝上书，请求辞官，皇帝才同意了他的要求。

总之，吴其濬在植物学、采矿学方面取得了较大成就，作为19世纪的著名科学家是当之无愧的。在风雨飘摇、内忧外患的形势下，他没有抱残守缺，而是放眼世界，将我国儒学传统的“格物致知”、“经世致用”、“用夏变夷”思想，提到了一个新的境界。