1935年，章太炎、谢利恒、张赞臣等文化界、中医界名家99位，发起重修南阳医圣祠的倡议。

中华人民共和国成立后，南阳市人民政府50年代对仲景祠曾两度修葺，成立张仲景纪念馆。1981年卫生部提议并拨付专款近百万元修复医圣祠，同时成立张仲景医史文献馆。1984年12月成立张仲景博物馆，与张仲景医史文献馆合署办公。1988年，“张仲景墓及祠”列入全国重点文物保护单位。2002年，南阳市人民政府举办张仲景医药节，并延续至今。2005年，医圣祠四合院古建筑主体修缮工程完成。2008年，医圣祠列为全国中医药文化宣传教育基地。

至1991年，中央、省、地、市人民政府先后拨款对医圣祠进行大规模修复建设工作，共建九级石阶十丈，仿汉子母阙一对，大门一座附东西陪房各三间，《张仲景传》石屏一座，东西长廊各30间附角亭一座，石刻张仲景组画54幅和历代名医评赞镶入东长廊内，石刻历代名医画像112幅镶于西长廊内，双层六角碑亭一座。重修山门一座及双侧花墙和月门，医圣井一眼，墓前石灯两盏，仲景塑像一尊。墓两侧修复古建房屋行方斋、智圆斋等六所，计22间。修复荷花池、湖心亭、仁济桥一座，春台亭、秋风阁各一座。新塑仲景巨型塑像一尊和十尊中型历代名医塑像，祠院内部铺设青石地坪，西院新建两层仿古小楼，计28间。