建安年间，张仲景行医游历各地，亲眼目睹了各种疫病流行对百姓造成的严重后果，也借此将自己多年对伤寒症的研究付诸实践，进一步丰富了自己的经验，充实和提高了理性认识。经过数十年含辛茹苦的努力，终于写成了一部名为《伤寒杂病论》的不朽之作。这是继《黄帝内经》之后，又一部最有影响的光辉医学典籍。

《伤寒杂病论》是集秦汉以来医药理论之大成，并广泛应用于医疗实践的专书，是我国医学史上影响最大的古典医著之一，也是我国第一部临床治疗学方面的巨著。《伤寒杂病论》的贡献，首先在于发展并确立了中医辨证论治的基本法则。张仲景把疾病发生、发展过程中所出现的各种症状，根据病邪入侵经络、脏腑的深浅程度，患者体质的强弱，正气的盛衰，以及病势的进退缓急和有无宿疾（其它旧病）等情况，加以综合分析，寻找发病的规律，以便确定不同情况下的治疗原则。

他创造性地把外感热性病的所有症状，归纳为六个证候群（即六个层次）和八个辨证纲领，以六经（太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴）来分析归纳疾病在发展过程中的，演变和转归，以八纲（阴阳、表里、寒热、虚实）来辨别疾病的属性、病位、邪正消长和病态表现。由于确立了分析病情、认识证候及临床治疗的法度，因此辨证论治不仅为诊疗一切外感热病提出了纲领性的法则，同时也给中医临床各科找出了诊疗的规律，成为指导后世医家临床实践的基本准绳。

张仲景的著述除《伤寒杂病论》外，还有《辨伤寒》十卷，《评病药方》一卷，《疗妇人方》二卷，《五藏论》一卷，《口齿论》一卷，可惜都早已散失不存。然而仅此一部《伤寒杂病论》的杰出贡献，也足以使张仲景成为海内外景仰的世界医学伟人。《伤寒杂病论》确立了中医学重要的理论支柱——辨证论治的思想，在中医学发展过程中，实属“点睛之笔”。

《汉书艺文志》中，将汉之前的医学典籍总结为重视经络针灸的医经派，与重视本草汤液的经方派二者；这两大传统的发展，构成了汉之前的中医体系。医经派的主要代表著作是《黄帝内经》。传统上认为，是伤寒论成书的主要依据，后世医者也多援引内经以发明伤寒论微旨。如清朝《医宗金鉴?伤寒论注序》：“《伤寒论》，后汉张机所著，发明内经奥旨者也，并不引古经一语，皆出心裁，理无不该，法无不备，盖古经皆有法无方，自此始有法有方，启万世之法程，诚医门之圣书。”

但根据晋皇甫谧序《针灸甲乙经》：“仲景论广伊尹《汤液》为数十卷，用之多验”以及近代从敦煌出土的梁陶宏景《辅行诀脏腑用药法要》记载：“汉晋以还，诸名医辈：张机、卫汛、华元化、吴普、皇甫玄晏、支法师、葛稚川、范将军等，皆当代名贤，咸师式此《汤液经法》，愍救疾苦，造福含灵。”“外感天行，经方之治有二旦、六神、大小等汤。昔南阳张机，依此诸方，撰《伤寒论》一部，疗治明悉，后学咸尊奉之。”《汤液经法》一书，在汉书艺文志的分类中，属于经方一派。这证明传统上认为伤寒论“不引古经一语”的看法是错误的，伤寒论中所使用的方剂，主要援引了已经失传的《汤液经法》，这也是张仲景著作的主要依据。

因此，张仲景可说是两汉医经、经方二派的集大成者，他使用的方剂很多是来自经方派；而六经辨证的手法，则是来自《黄帝内经》；此外，更加上他个人的心得与经验。将伤寒与杂病共论，汤液与针灸并用，打破了《素问热论》中六经只辨伤寒的局限性，因此，无论伤寒、杂病和它们互相挟杂的复杂问题，都能用六经辨证方法概括而无遗。称仲景为医中之圣，伤寒论为中医之魂，实不为过。