百泉药交会无论在什么时代，对繁荣社会经济，发展医药都起了良好的作用。但也有它的坎坷经历。有史可考的就有三次迁境，两次被迫停会。

清乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝游览百泉，地方官府事先在百泉东岸建筑“翠华行宫”，大兴土木，整修亭台楼阁，绕岸砌石。又因百泉药材交流会人多地广，声音吵杂，恐影响皇帝休息与安全，故命将百泉药材大会暂移辉县县城东关举办。由于起会对本地经济发展很有助益，次年（1751年）县城东关人士极力主张继续在当地起会，经过百泉士绅民众据理力争，费了很大的周折终将药交会请回。

据嘉庆九年（1804年）碑记所载，嘉庆六年（1801年），百泉的地主和房主，对外地药商任意抬高房屋和地皮租赁价格，并把持、包揽药商的日用伙食；说行者（经纪人）也乱收佣钱，引起外地药商的很大不满。药客诸商遂聚议迁会到新乡县举办了两年（嘉庆七年1802年、嘉庆八年1803年）。百泉士民牛振帮、郑世俊、陈均多方请托官绅调解，同时又派代表多人赴新乡迎客，诚恳表示，愿意接受各地客商提出的诸项条件，订立会规，严守信义。这样，才于嘉庆九年请回一部分客商。怀帮的数十家药行，几经知名人士疏通、县府官员出面，也于嘉庆十年（1805年）回到百泉。为巩固大会，道光二十七年（1847年），又经过多方协商，大会正式订立章程五条和除皮（即药材包装除皮）规则，方使药材大会在百泉稳定下来。

清宣统三年（1911年）的又一次波折，虽然没有影响到大会的按期举办，但事情也有奇趣。在这一年大会之前，卫辉府（今卫辉市）药商突然发出百泉停会的消息，邀请各大药行和药商到卫辉府起会的文柬。百泉办会者获悉后，力谋对策。由百泉南街的郑、牛两位药商主持，陈镕（字子陶）先生起草宣言，广泛邮散，声明百泉并未宣称不愿办会，一如既往，热情邀请药行客商如期集会。特别声称，凡上会药材，百泉方面都负责帮助推销，如销售不完，剩余货物由郑、牛两位全部收购。知县王建新也出面斡旋，大会终于又在百泉如期举行。

此外，由于军事和政治缘故，还造成了百泉药材交流会两次长期中断。一次是1937年抗日战争开始至1949年解放战争结束，百泉药会被迫停办12年；另一次是1967年文化大革命开始第二年至1979年党的第十一届三中全会结束，百泉药会又一次被迫停办12年。

百泉药材交流会虽然经过几度曲折，但是在各方人士的积极斡旋、与会客商的热情支持和百泉村人的共同努力下，每次都能克服困难。使大会沿着更为健康的方向蓬勃发展。