1950年复会后，由辉县人民政府领导和各地与会首席代表，组成百泉药材大会委员会。1980年复会后，仍称大会委员会，主任由市（县）长兼任，副主任为国家、省、地（市）医药部门负责人及市（县）有关领导。大会委员会设秘书处、交易股、治安股、招待股。1987年成立百泉药材工作委员会，为常设机构，由副市（县）长兼任主任，负责药材大会筹备和会后调剂全国医药余缺工作。1994年，撤销百泉药材交流大会工作委员会，成立百泉药材贸易总公司。2000年，成立辉县市药材贸易管理委员会，负责管理百泉药会。

1949年后，辉县政府对百泉药会十分重视，为保证大会顺利进行，继承大会的地方性历史传统，成立了以辉县领导成员为主任委员、由上级主管部门与省、市领导为副主任委员、与会客商首席代表为委员的百泉药材交流大会委员会。委员会委员均由与会各地代表讨论通过。自1950年到1998年，历届委员人选屡有更替，基本格局始终未变。1967年改称领导小组。

1986年之前，由辉县工商管理部门主持日常工作。每到春节前后，由工商局会同医药及有关部门组成大会筹备处，准备会期有关事项，如寄发请柬、组织人力、物力，安排交易场所及来宾食宿事宜。

1987年，成立辉县市药材管理委员会，驻百泉药都，主管百泉药会日常工作。大会期间，委员会下设秘书处、交易股、接待股、治安股，处理各种具体事务。

1989年，由百泉药材交流大会工作委员会负责管理，改设1室3处1组，即办公室、接待处、交易处、保卫处和端正会风领导小组，负责大会服务，处理大会各项事宜。主任李集日（兼），副主任杜兴华