民国十八年（1929年），百泉药会发生了新的变化。大会期间，除原有的药王会以及交纳印花税、公安捐之外，还成立了“临时商会”，并订立会章。民国十八年的会章第二条规定：临时商会由“县长、人民自卫团、公安局、造林局、县商会和百泉村董事组成”。民国二十年（1931年），将临时商会改为“商警联合办事处”，并邀请当时的河南省立百泉乡村师范学校的校警队参加，以加强大会治安。

临时商会的主要职责是：维护市场秩序，保护市场安全，指导全会，保障会规。在民国二十年（1931年）药交会上，河南省立百泉乡村师范学校向群众宣传烟（指鸦片）、妓、赌的危害，某些骗取金钱的生意，以及庸医的弊害。省立百泉乡村师范学校的文艺教育部，结合会上情况编成唱本向会上群众演唱，社会教育部所出的《百泉日报》为会上群众进行指导。

临时商会产生以后，改变了药王会纯由药材商人主持大会的格局，在组织成员上吸收了京货行、帛布行和杂货行的代表各一人参加领导机构，以期扩大其他物资交流。临时商会是由政府官员参加的临时权力机构，药王会是药商组织药材交易活动的团体。两个组织在大会期间分工合作。药王会以法人资格参加临时商会，与其他三行（京货、帛布、杂货）的代表略有不同，药商们自己的事务仍由药王会自行处理。这一点与其他三行代表亦有区别。