虽然在岐伯为中华医祖方面人们的认识高度一致，但是他的乡籍，却纷争不已，迄今为谜。影响比较大的有岐山、庆阳、盐亭三说。

岐山一说，最早见载北宋张君房所辑《云笈七签》中。其《纪传部•轩辕本纪》言：“时有仙伯，出于岐山下，号岐伯，善说草木之药性味，为大医，帝请主方药，帝乃修神农所尝百草性味以理疢者，作《内外经》。……帝问岐伯脉法，又制《素问》等书及《内经》……玄女授帝《如意神方》，即藏之崆峒山。帝精推步之术，于山稽、力牧著体诊之诀，于岐伯、雷公讲占候，于风后先生救伤残缀金冶之事，故能秘要，穷尽道真也。”这大概于岐伯也算是文献中比较具体的记载了。”另外一处广泛引证的材料是南宋罗泌的《路史》：“古有岐伯，原居岐山之下。黄帝至岐见岐伯，引载而归，访于治道。”南宋郑樵《通志》记载：“岐氏，周故都也，今凤翔岐山是也。太王居之，至文王始迁于丰，其支庶留岐，故为岐氏。又古有岐伯，为黄帝师。”

庆阳说集中见载于南宋人著作中。如潘自牧《记纂渊海•卷二十四•郡县部》载：“庆阳郡号安化。”同书“人物•上古”又载：“岐伯，郡人。黄帝尝与论医，有《素问》《难经》行于世。”郑樵《通志•艺文略》载：“古有岐伯，为黄帝师，望出安化。”南宋邓名世《古今姓氏书辩证•卷三》有“安化岐氏”之论，罗泌《路史》云：“古有岐伯，至古公避狄，迁岐之阳。”又引《琴操》曰：“文王初为岐侯。”元代梁益《诗传旁通•卷十三》也引《路史》云：“古有岐伯，至古公避狄，迁岐之阳……桓谭《琴操》云：‘文王初为岐侯。’岐亦作歧，一分为二曰岐。”安化郡，为唐时设置，之前叫庆州。庆阳府，宋时所置，明清因之，民国时期复废府改称庆阳县（以上见《中国古代地名大辞典》）。其后明清及民国时期当地所编方志一仍其说。

至于盐亭说，持据多用《山海经》。《山海经•海外南经》称“有岐舌之国”，郭璞注云：“岐舌国，其人舌皆岐，或云支舌也。”《吕氏春秋•功名篇》载：“南方有反舌国，舌本在前末倒向喉。”持论者认为所谓“岐舌、支舌、反舌”，当是对图腾为龙（蛇）部族的曲折表述；《山海经》又云：“西南黑水之间有都广之野，后稷葬焉。”明代四川新都人杨慎补注《山海经》时说“都广之野”即今成都平原。成都平原以东的氐羌族，自古恰以龙（蛇）为图腾，如《山海经•海内经》曰：“伯夷父生西岳，西岳生先龙，先龙是生氐羌。”《殷墟卜辞》称：“龙来氐羌”。古代龙蛇浑称，岐舌国被认为或是其中一支，并引北宋《元丰九域志》“盐亭一时已多氐语，可见旧日氐人之盛”为辅证。此外，《抱朴子》所述岐伯足迹所至之缙云山即在此区域内，而传说中他行迹所至的青城山、峨眉山均距此不远。持论者遂联想此岐伯当为岐舌国通晓医术之长者。

以上诸说除引用文献证明外，还从人类发生学及考古学等角度，举当地文明发祥之早、胜迹传说之富及人文景观之备以佐证之，皆言之有据，观之有理，使岐伯里籍之争，遽难断于一说。

三说之外，2009年10月经医史人类学家郑怀林教授实地考察，又提出新密为岐伯第二故乡的观点。新密本土流传的众多和岐伯有关的文化事象和地名遗迹似乎为此做了佐证。